1940年9月,德國、意大利和日本結盟。山本五十六被任命為日本聯合艦隊總司令,不得不“違背自己的意願”奉命對美、英、荷蘭等國開戰。 1941年12月8日零時00分,山本五十六親自發出密碼“1280”,親自率部偷襲美國珍珠港,給美國太平洋艦隊造成重創,帶著巨大的回報而歸來。勝利。隨後,山本五十六提出與美國講和,但他的意見沒有被採納。在指揮中途島海戰時,日本海軍因重大戰略失誤損失慘重。風雲突變,美軍攻勢如虹,日軍潰敗如山。瓜島有3萬多名日軍,日夜遭到美國飛機的轟炸,陷入絕境。山本五十六派艦隊砲擊美軍基地,幫助倖存的軍隊安全撤退。 1943年4月18日,為鼓舞前線部隊士氣,山本五十六駕駛轟炸機前往前線進行檢閱。不料日軍密碼被美軍竊取,美軍派出航空編隊擊落山本五十六飛機。