在位於東京西部、總人口達230萬、其中約80%為學生的巨大“學園都市”中,實施了特殊的超能力培養課程,學生的能力由“傷殘0級”到“超級天才5級”六級等級。高中生上條當麻是學園都市的紳士之一。因為隱藏在右手的力量——“幻滅者”,連神明的加護都可以解除,只要是神通的力量,他就被評為最優秀的“無能者”,過著充實的生活不幸。生活。而上條的學生生活也因為暑假即將結束時突然出現的純白修女而發生了翻天覆地的變化。自從遇到從“魔法”的世界——“禁書目錄”中逃出來的她,上條就一直在處理各種各樣的事情。經營學園都市的“科學”一方和與索引有關的“魔法”一方,在解決雙方事件的過程中,人際關係逐漸擴大。之後,魔法界最大的基督教教派羅馬東正教終於注意到了上條的存在……為了應對魔法界,學園都市在科學界也採取了行動。但不時有人與世界的趨勢作鬥爭,世界逐漸開始統一。那些與上條的關係大大改變了命運的“英雄”。他們自願挺身而出面對世界。上條當麻似乎做到了。當迷信與魔法第三次交織時,故事有了長足的發展! !