故事發生在東京八丈島外海,那裡建造了“太平洋浮標”海洋設備,用於連接來自世界各地的警方監控攝像頭。在該設施正式啟動之前,來自世界各地的 IT 工程師來到現場與歐洲刑警組織的管轄區進行聯絡。與此同時,一項使用面部識別系統的“新技術”的測試也在進行中…… 另一方面,柯南和少年偵探隊應園子的邀請來到八丈島看鯨魚。就在此時,柯南接到衝谷青(赤井秀一飾)的電話,得知歐洲刑警組織的成員在德國被琴酒殺害。為查明真相,柯南潛入黑田平等警視廳人員的巡邏艦前往“太平洋浮標號”進行巡邏工作,並進入該設施。緊接著,正在準備上線的設施裡發生了一起案件——工程師被黑衣組織綁架,她手上裝有資料的U盤也落入了黑衣組織的手中。 。海中傳來詭異的螺旋槳聲。當時,八丈島上的灰原哀身旁,一道黑影也在悄然逼近……