正德十六年,武宗駕崩,朱厚熜即位,嘉靖建國。李彥文被任命為太原醫院代表。李言文的好友吳藥師因治療小公主的病不當而入獄。吳藥師臨終前囑咐孤兒將女兒吳思雅許配給李時珍。長大後,李時珍就讀於陽明書院,與靖王府長子朱成頤成為同學。朱成頤希望拉攏李時珍為自己所用,卻遭到了李時珍的嚴詞拒絕。朱成頤與李時珍從此成為競爭對手。李時珍偶然遇見了美麗的姑娘朱長廷,卻發現她脈搏異常,生命垂危。李時珍為她治療多年的痼疾,兩人都對她產生了感情。李時珍無意中發現,這個女孩竟然是靖王府的公主。李時珍希望能獲得好名聲,得到一個官職,這對常廷來說也不是不可能。朱成義聽說李時珍趕考,就派人賄賂主考官。李時珍被偵查人員指控作弊,並被趕出了考場。李時珍心情鬱悶,一病不起。常婷偷偷寫信與李時珍商議逃亡事宜,未獲回音,失望之下,病情加重,臥床不起。靖王急忙命李彥文為女兒看病,但李時珍性命攸關,李彥文根本無法離開。關鍵時刻,思雨趕到,承認自己的藥膳是治愈公主的關鍵,他做出生死抉擇,進入靖王府為常廷治病。程頤請求思雨留在自己身邊,在宮中享受名利,但思雨拒絕了。李時珍最終與思玉結婚,並開始跟隨父親行醫。經過幾輪檢查,李時珍終於住進了太醫院。當年,朱長泰成為道士陶仲文的弟子,終日沈迷煉丹、吃丹。藍星逸與成為楊飛的楊雪瑩聯手,用自己學到的醫術解決問題。后宮中,朱成儀也來到京城與嚴世蕃勾結,貪婪不道德,靖王與豫王爭奪太子,嚴嵩與徐階之間的政治鬥爭十分激烈。李時珍被捲入了這場奸詐陰謀的宮鬥之中……李時珍發現常亭體內有鉛中毒的跡象,於是勸常亭停止服用丹藥,但常亭不聽他的,並且兩人發生了激烈爭吵。李時珍向嘉靖進言,請求皇帝停止使用丹藥,嘉靖大怒,拒絕了他重修丹藥的建議。嘉靖服了常廷所獻的長生不老藥,突然得了重病,昏迷不醒。嚴嵩父子趁機指責李時珍,將他送入大牢。公主發現始作俑者竟是朱成義和嚴世蕃買來的假鹿角。嚴世蕃把朱成毅當替罪羊推到了風口浪尖。嘉靖斬殺了朱成頤,景王失去了愛子。李時珍終於進入太原醫院禁區,尋找武宗真正的死因。他發現武宗的死其實是一個巨大的陰謀,並且與嘉靖有關……李時珍為南中國伸冤的想法並沒有實現。公主長期積毒,終於死了。李時珍垂頭喪氣,想要離開。他把全部的精力都投入到了草藥的編撰上,希望人們能夠辨別真假,讓世界上不再有假藥危害人類。李時珍回到蘄州,露天吃飯、睡覺,親自試藥,為修訂本草收集第一手資料。當時,倭寇蕭騰以商人身份來到李時珍跟師學醫。李時珍見他誠意,便收留了他。當小騰發現《本草綱目》手稿時,頓時醋意大發。他趁李時珍不備,偷走了手稿。思雨攔住了小騰,雖然救下了手稿,卻不幸身亡。李時珍激動不已。萬曆十四年左右,《本草綱目》編撰完畢,王士禎同意為其作序。萬曆收到王世禎的信,命李時禎進京獻書。但正當李時珍準備離開時,蘄州附近“水痘”開始蔓延,李時珍決定暫時不去北京,趕赴疫區救治民眾。劇照相冊2(11張) 在李時珍等人的努力下,“水痘”得到了控制。然而,李時珍本人卻因勞累過度而病倒了。李時珍臨終前囑咐建元將《本草綱目》供奉於宮廷,以造福後世。幻覺中,李時珍彷彿看到了《本草綱目》被呈獻給皇帝的場景。三年後,李建元向神宗介紹了《本草綱目》。神宗派使者將《本草綱目》送到日本、韓國等地,使我們中華文明成為世界之福。